Недавно я обновил операционную систему на домашнем компьютере с Ubuntu 8.04 до Ubuntu 10.04. Два года пользовался Hardy Heron, и вот, наконец, перешел на Lucid Lynx. Чтобы не тратить время и силы на апгрейд имевшейся ОС, я установил Ubuntu 10.04 с нуля. По этой причине пришлось инсталлировать заново все программы. Не обошла эта участь и R.

Процесс установки R в Ubuntu очень прост, но все же я решил написать для себя небольшую шпаргалку. Возможно, она пригодится и кому-нибудь из читателей блога, благодаря этой статье можно сэкономить несколько минут своего времени при инсталляции R.

Устанавливать среду R можно из репозитория Ubuntu. В нем уже есть пакеты для установки R. Однако я предпочитаю использовать в качестве источника репозиторий CRAN (http://cran.r-project.org, Comprehensive R Archive Network), содержащий саму систему R, библиотеки, документацию и другие, связанные с R материалы. Это самый верный способ получать последние обновления. Так, по состоянию на 27 июня 2010 года, при установке R из репозитория Ubuntu 10.04 мы получаем R version 2.10.1 (2009-12-14), а CRAN содержит в себе уже R version 2.11.1 (2010-05-31).

Начнем работу. Сперва добавляем новый репозиторий в список источников приложений. Можно сделать это в окне «Источники приложений», но удобней просто добавить строку в файл /etc/apt/sources.list.

sudo gedit /etc/apt/sources.list

В открывшемся редакторе добавляем следующую строку:

deb http://cran.gis-lab.info/bin/linux/ubuntu lucid/

В этой строке указан адрес одного из зеркал CRAN: http://cran.gis-lab.info. Список всех зеркал, доступен по адресу http://cran.r-project.org/mirrors.html. Заметьте, что приведенная выше строка подходит только для Ubuntu 10.04. В других версиях надо заменить слово «lucid» на соответствующее вашей операционной системе.

Следует обратить внимание и на то, что пакеты R скомпилированные под Ubuntu доступны только для стабильных десктопных релизов, и только до окончания периода их официальной поддержки. Более того, это должны быть последние LTS-релизы. На 3 мая 2010 года поддерживаюлись версии: Lucid Lynx (10.04), Karmic Koala (9.10), Jaunty Jakelope (9.04) и Intrepid Ibex (8.10). Поддержка Hardy Heron (8.04), по информации на сайте CRAN, будет продолжаться до тех пор, пока это не станет требовать слишком больших трудозатрат.

После добавления репозитория следует обновить список доступных пакетов.

sudo apt-get update

Теперь необходимо указать ключ для репозитория. Хранилище CRAN для Ubuntu подписано ключом "Vincent Goulet <vincent.goulet@act.ulaval.ca>", имеющим key ID E2A11821. Добавляем ключ в систему APT.

gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

У некоторых пользователей возникают трудности на данном этапе, которые связаны с блокировкой порта 11371. В этом случае можно найти ключ по адресу http://keyserver.ubuntu.com:11371/ и скопировать его в текстовый файл, например, «key.txt». После чего добавить ключ, написав в терминале:

sudo apt-key add key.txt

Ну, и, наконец, ставим основной пакет R.

sudo apt-get install r-base

На этом все. Остальные пакеты лучше устанавливать из самой системы R при помощи функции install.packages(). Если вы хотите, чтобы пакеты, установленные этой функцией были доступны всем пользователям вашего компьютера, то R должна быть запущена с правами суперпользователя.

sudo R

Если вы ставите пакеты только для себя, то создайте в домашней директории папку «~/lib/R/library» (или другую, на ваше усмотрение) и запускайте установку пакетов так:

install.packages('pkgname', lib = '~/lib/R/library', dep = TRUE)

Можно не создавать локальную папку для пакетов, а просто согласиться на предложение системы создать подобную папку автоматически. Название ее будет примерно такое: ~/R/i486-pc-linux-gnu-library.

Предположим, что вы создали в домашнем каталоге папку ~/lib/R/library. Чтобы при установке и подключении новых пакетов не указывать каждый раз этот путь, можно прописать его в файле «.Renviron», который следует поместить в домашнюю папку. Делается это так.

R_LIBS_USER="~/lib/R/library"

Теперь система будет знать, где расположена папка для новых библиотек.
Вот и все. Язык и среда статистических вычислений R готовы к использованию на вашем компьютере под управлением Ubuntu 10.04.